1-DAV-202 Data Management 2023/24
Previously 2-INF-185 Data Source Integration

Materials · Introduction · Rules · Contact
· Grades from marked homeworks are on the server in file /grades/userid.txt
· Dates of project submission and oral exams:
Early: submit project May 24 9:00am, oral exams May 27 1:00pm (limit 5 students).
Otherwise submit project June 11, 9:00am, oral exams June 18 and 21 (estimated 9:00am-1:00pm, schedule will be published before exam).
Sign up for one the exam days in AIS before June 11.
Remedial exams will take place in the last week of the exam period. Beware, there will not be much time to prepare a better project. Projects should be submitted as homeworks to /submit/project.
· Cloud homework is due on May 20 9:00am.


Difference between revisions of "Genomika"

From MAD
Jump to navigation Jump to search
Line 46: Line 46:
  
 
==Koordinácia v rámci skupiny a s cvičiacimi==
 
==Koordinácia v rámci skupiny a s cvičiacimi==
Bližšie určíme v prých týždňoch
+
Každá skupina by si mala vytvoriť spôsob organizácie práce a jej výsledkov
<!--
+
* Mala by existovať verejne dostupná a prehľadná dokumentácia k všetkému, čo ste robili
* Projekt na GitHube https://github.com/bbrejova/genomika-2017
+
** Kde ste stiahli dáta, ako ste ich spracovali (ideálne postupnosť všetkých relevantných príkazov), poznámky k problematickým krokom
** Slúži na ukladanie skriptov a dokumentácie, koordinácia úloh pomocou issues
+
** Ideálne v angličtine, ale stačia stručné poznámky
** Verejne prístupný, píšeme po anglicky, neuvádzame záležitosti súvisiace skôr s predmetom než samotným cieľom našej práce
+
* Takisto by mali byť verejne prístupný archív zdrojových kódov všetkých programov, ktorý ste pre predmet napísali
** Nabudúce spolu dohodneme vhodnú štruktúru
 
  
* Každý študent má Google document, v ktorom si vedie stručný denník
+
Z minulého roku existuje projekt na GitHube https://github.com/bbrejova/genomika-2017
** Tento denník zdieľajte s cvičiacimi na zápis, budú vám tam dopisovať body
+
* Obsahuje skripty aj dokumentáciu vo forme wiki
** V každej fáze uveďte ako nadpis dátum stretnutia, ktorým fáza začala a pod neho stručný zoznam vecí, ktoré ste spravili s linkami do GitHubu na výsledky vašej práce
+
* Odporúčame použiť, ak nemáte lepší nápad ako prácu zorganizovať
** Uveďte tiež stručný sumár, čo sa vám oproti plánu podarilo alebo nepodarilo, prípadne či s niečím boli ťažkosti, či ste spravili niečo oproti plánu navyše a pod.
+
* Časti z minulého roka nemažte, môžete ich však nejako presunúť do priečinka a pod.
** Tento denník je vhodným podkladom pre ďalšie plánovacie stretnutie, kde sa o vašich výsledkoch budeme rozprávať, treba si ho teda pripraviť pred stretnutím
 
** Ak si na stretnutí spomeniete na niečo, čo chcete pridať k denníku predchádzajúcej fázy, spravte to čím skôr (hneď po stretnutí), potom už predchádzajúcu fázu nemeňte
 
** Najnovšiu fázu majte vždy na vrchu dokumentu, aby sa dala rýchlo nájsť
 
  
* Chceme aj nejaký mailing list / skupinu na oznamy ostatným členom? Alternatívne návrhy k GitHubu a Google docs?
+
Denník skupiny
-->
+
* Každá skupina má Google document, v ktorom sa na stretnutí spíšu dohodnuté úlohy a komu boli priradené a na ďalšom stretnutí aktuálny stav ich plnenia a pridelené body
 +
* Môžete si tam písať aj ďalšie poznámky o aktuálnom stave prác a problémoch, na aké ste narazili
  
 
==Plán na prvé týždne==
 
==Plán na prvé týždne==
  
 
* 22.2.: organizačné detaily, práca s UCSC prehliadačom: [[Genomika: cvičenie UCSC browser|cvičenie]], rozdelenie do skupín
 
* 22.2.: organizačné detaily, práca s UCSC prehliadačom: [[Genomika: cvičenie UCSC browser|cvičenie]], rozdelenie do skupín
<!-- ** úloha do ďalšieho týždňa: vytvoriť si Google doc s denníkom, zdieľať s cvičiacimi, uviesť v ňom svoje meno a GitHub username, prijať pozvánku stať sa členom projektu -->
+
** úloha do ďalšieho týždňa: poslať B. Brejovej email obsahujúci vaše meno, gmailové konto a githubové konto, ktoré chcete na predmete využívať, prijať pozvánku za člena Github projektu
* 1.3. a 8.3.: ciele skupiny, podrobnejšie rozplánovanie prvých úloh
+
* 1.3. a 8.3.: podrobnejšie rozplánovanie prvých úloh, začnete na nich pracovať
 
<!--
 
<!--
** úloha do ďalšieho týždňa: oboznámenie sa s existujúcimi prehliadačmi pre cieľové druhy, získanie genómových sekvencií, začiatok inštalácie browsera (rozdelíme si)
+
Geotrichum candidum
* 9.3: podrobnejšie ciele na prvé fázy
+
* obrazok syra https://www.artisancheesecompany.com/blogs/artisan-cheese-company/tagged/coupole
** rozdelíme konkrétne úlohy na ďalšie dva týždne
+
* http://thunderhouse4-yuri.blogspot.sk/2012/05/geotrichum-candidum.html
 +
 
 +
Komagataella phaffii/Pichia pastoris
 +
 
 +
Debaryomyces hansenii
 +
 
 +
alebo nieco pri jamang
 
-->
 
-->

Revision as of 16:25, 21 February 2018

Stránka k predmetu 2-INF-269/15 Genomika

Obsahové prerekvizity

  • Metódy v bioinformatike a Integrácia dátových zdrojov
  • Ak ste skúsení v práci na príkazovom riadku v Linuxe, Integráciu je možné brať aj súčasne s Genomikou

Prednášky

Cvičenia

  • Cvičiaci Broňa Brejová a Tomáš Vinař
  • Náplňou cvičení je tvorba prehliadača genómov na báze softvéru UCSC genome browser pre vybrané genómy. Pri tejto tvorbe si precvičíme prácu s genomickými dátami a vytvoríme aj potenciálne užitočný nástroj
  • Budeme pracovať ako skupina, ktorá má spoločný cieľ. Konkrétne podciele na najbližší čas si vždy rozdelíme medzi jednotlivých členov (prípadne dvojice) na spoločnom stretnutí.
    • Pri väčšom počte študentov sa rozdelíme na 2 alebo 3 skupiny s rôznymi cieľmi
  • Stretnutie sa uskutoční v rozvrhovom čase pre cvičenia približne raz za dva týždne. Jednotliví členovia skupiny zosumarizujú, čo sa im z predchádzajúcich úloh podarilo a čo nie, na aké problémy narazili, čo sa zaujímavé naučili a pod. Podiskutujeme, ako by sa tieto problémy mohli riešiť, rozmyslíme ďalšie úlohy a dohodneme sa, kto bude čo robiť.
  • Po skončení diskusnej časti stretnutia začnete na dohodnutých úlohách pracovať v počítačovej miestnosti, pokračujete individuálne do ďalšieho stretnutia
  • Ak sa v danom týždni nekoná stretnutie celej skupiny, môžete v čase cvičení využiť miestnosť na prácu na projekte, najmä ak chcete koordinovať viac ľudí. V prípade záujmu môžeme prísť aj my a niečo poradiť (dohodnite si to vopred).

Hodnotenie

  • Prednášková časť je ukončená písomnou skúškou, ktorá tvorí 50% známky, skúšku organizuje prof. Nosek
  • 50% známky je za prácu na cvičeniach, pričom cca 25% známky je celkový dojem z úspešnosti skupiny ako celku a 25% z individuálneho prínosu daného študenta
  • Známky A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Poznámky k hodnoteniu cvičení

  • Ak niektorí študenti budú mať obzvlášť malý alebo obzvlášť veľký podiel na práci skupiny, môže byť váha ich individuálneho hodnotenia zvýšená (v extrémnych prípadoch až 50% celej známky)
  • Za každú fázu skupinového projektu (t.j. po každom stretnutí) vám budú pridelené čierne a/alebo červené body
    • Červené body sú za splnené úlohy a ich počet odzrkadľuje kvalitu, kvantitu a náročnosť práce
    • Čierne body sú za úlohy, ktoré vám boli priradené, ale ktoré ste nesplnili, obzvlášť ak od nich závisí ďalší postup ostatných členov skupiny. Takisto čierne body dostanete za iné správanie, ktoré narúša úspešné napredovanie skupiny (neospravedlnená neprítomnosť na stretnutí, narušenie práce spoločného servera a pod.)
    • Individuálne hodnotenie je neklesajúca funkcia od počtu červených bodov a nerastúca od počtu čiernych, presný prepočet určíme neskôr.

Ciele predmetu

Pre bioinformatikov: ak sa plánujete venovať bioinformatike, budete v budúcnosti spracovávať dáta z moderných technologií a interagovať s odborníkmi na prírodné vedy.

  • Na Genomike sa oboznámite sa s modernými biotechnológiami.
  • Vyskúšate si prácu s reálnymi biologickými dátami.
  • Na prednáškach prídete do kontaktu s odborníkmi z prírodných vied

Pre ostatných: aj ak sa neplánujete intenzívne venovať bioinformatike počas štúdia ani po jeho ukočení, na tomto predmete sa môžete všeličo zaujímavé a užitočné naučiť.

  • Prednášky môžu byť zaujímavým okienkom do sveta modernej biológie, ktorá sa momentálne veľmi rýchlo rozvíja aj vďaka úzkej spolupráci s nanotechnológiami a informatikou.
  • Prednášky sú tiež dobrým tréningom v komunikácii s expertami z iných oblastí - aj keď nebudete bioiformatici, môžete v budúcnosti úzko spolupracovať s klientmi alebo kolegami, ktorí sú expertami na úplne inú oblasť. Prednášky a príprava na skúšku sú tréningom ako pochopiť základné myšlienky textu alebo prezentácie, v ktorých je veľa pre vás neznámych pojmov.
  • Cvičenia vám umožnia precvičiť si prácu v tíme, spracovanie dát, prácu s väčším existujúcim softvérom.

Koordinácia v rámci skupiny a s cvičiacimi

Každá skupina by si mala vytvoriť spôsob organizácie práce a jej výsledkov

  • Mala by existovať verejne dostupná a prehľadná dokumentácia k všetkému, čo ste robili
    • Kde ste stiahli dáta, ako ste ich spracovali (ideálne postupnosť všetkých relevantných príkazov), poznámky k problematickým krokom
    • Ideálne v angličtine, ale stačia stručné poznámky
  • Takisto by mali byť verejne prístupný archív zdrojových kódov všetkých programov, ktorý ste pre predmet napísali

Z minulého roku existuje projekt na GitHube https://github.com/bbrejova/genomika-2017

  • Obsahuje skripty aj dokumentáciu vo forme wiki
  • Odporúčame použiť, ak nemáte lepší nápad ako prácu zorganizovať
  • Časti z minulého roka nemažte, môžete ich však nejako presunúť do priečinka a pod.

Denník skupiny

  • Každá skupina má Google document, v ktorom sa na stretnutí spíšu dohodnuté úlohy a komu boli priradené a na ďalšom stretnutí aktuálny stav ich plnenia a pridelené body
  • Môžete si tam písať aj ďalšie poznámky o aktuálnom stave prác a problémoch, na aké ste narazili

Plán na prvé týždne

  • 22.2.: organizačné detaily, práca s UCSC prehliadačom: cvičenie, rozdelenie do skupín
    • úloha do ďalšieho týždňa: poslať B. Brejovej email obsahujúci vaše meno, gmailové konto a githubové konto, ktoré chcete na predmete využívať, prijať pozvánku za člena Github projektu
  • 1.3. a 8.3.: podrobnejšie rozplánovanie prvých úloh, začnete na nich pracovať