CB11

Obsah

SNP rs1815739 CC: SNPedia, genome browser
SNP rs12255372 GT: SNPedia, genome browser
SNP rs2472297 TT: SNPedia, genome browser
Ďalšie zaujímavé SNPy: rs10427255 CC, rs671 GG, rs713598 GG, rs17822931 CT, rs4988235 CC, rs1042725 CC, rs7495174 AA, rs1426654 AA, rs4481887 AG
V browseri si vsimnite tracky (specificke pre verziu genomu hg19):
- HGDP Allele Freq s mapou sveta s distribuciou alel
- Genome Variants obsahuje genomy niekolkych ludi, napr Jima Watsona
- Takisto sa da pozriet genom ludi z jaskyne Denisova a Neandertalcov

UCSC genome browser ma aj dalsie tracky tykajuce sa populacnej genomiky a polymorfizmov

Pozrime si napriklad region chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38
V casti Phenotype and Disease Associations
- napr. ClinGen CNVs a ClinVar Variants obsahuju asociacie variantov k chorobam
- GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií

V starsej verzii ludskeho genomu hg18 je aj trojuholnikovy graf vazbovej nerovnovahy

region chr2:164,862-426,468 v hg18
zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)

Znama databaza rodin RNA genov je Rfam: http://rfam.xfam.org/
Najdite si v nej rodinu RF00015 (U4 spliceosomal RNA)
V casti Secondary structure si mozete pozriet obrazky farebne kodovane podla roznych kriterii
- Skuste pochopit, co jednotlive obrazky a ich farby znamenaju
Jedna z mnohych ludskych kopii je tato:

AGCTTTGCGCAGTGGCAGTATCGTAGCCAATGAGGTTTATCCGAGGCGCG
ATTATTGCTAATTGAAAACTTTTCCCAATACCCCGCCATGACGACTTGAA
ATATAGTCGGCATTGGCAATTTTTGACAGTCTCTACGGAGA

Skuste ju najst v ludskom genome nastrojom BLAT v UCSC genome browseri
Pozrite si tracky GENCODE genes, conservation, RepeatMasker v jej okoli
Vo verzii hg19 (kam sa viete z inej verzii dostat cez horne menu View->In Other Genomes) je track "CSHL Sm RNA-seq" ktory obsahuje RNASeq kratkych RNA z roznych casti buniek, zapnite si v jeho nastaveniach aj zobrazenie RNA z jadra (nucleus)
Zadajte sekvenciu na RNAfold serveri [1]
Ak vypocet dlho trva, pozrite si vysledok tu
Podoba sa na strukturu zobrazenu v Rfame? v com sa lisi?

Toto cvičenie je z časti inšpirované stránkou [2]
Budeme uvažovať vzdialene podobné enzýmy
- Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase (Uniprot)
- Galactose-1-phosphate uridylyltransferase (GALT/GAL7) (Uniprot)
- Ich domény patria v databáze Pfam do toho istého klanu
Skúsme nájsť túto podobnosť v BLASTe: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ v časti proteíny, zvoľme databázu Swissport, ako Query zadajme Accesion nášho proteínu P49789, spustime program PSI-BLAST
V prvom kole PSI-BLAST spúšťa bežný BLASTP
GAL gén (konkrétne GAL7_HAEIN, accession P31764) sa nachádza medzi výsledkami, ale má príliš vysokú E-value
Spustíme teraz druhú iteráciu PSI-BLAST, ktorá zostaví profil z proteínov s nízkou E-value v prvej iterácii
Aká je E-value nájdeného zarovnania?
Ak by výpočet dlho trval, výsledky sú tu: 1. kolo, 2. kolo

NCBI Gene Expression Omnibus http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

Databaza gene expression dat na NCBI
Do Search okienka zadajme GDS2925
Mali by sme dostat dataset Various weak organic acids effect on anaerobic yeast chemostat cultures
Mozeme si pozriet zakladne udaje, napr. citation, platform
Link "Expression profiles" nam zobrazi grafy pre rozne geny
Pri kazdom profile mozeme kliknut na profile neighbors, aby sme videli geny s podobnym profilom
Data analysis tools, cast Cluster heatmaps, K-means, skuste rozne pocty clustrov
- napr. K=4 a K=5 pre Pearsonovu korelaciu
- mozeme is pozriet aj hierarchicke zhlukovanie

Vazobne miesta transkripcnych faktorov sa casto reprezentuju ako sekvencne motivy
Ak mame skupinu sekvencii, mozeme hladat motiv, ktory maju spolocny
Znamy program na tento problem je MEME
Chodte na stranku http://meme-suite.org/
Zvolte nastroj MEME a v casti Input the primary sequences zvolte Type in sequences a zadajte tieto sekvencie
Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia?
Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky tu

Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [3]