Vybrané partie z dátových štruktúr
2-INF-237, LS 2016/17

Úvod · Pravidlá · Prednášky · Prezentácia · Ako poznámkovať · Moodle
Táto stránka sa týka školského roku 2016/17. V školskom roku 2017/18 predmet vyučuje Jakub Kováč, stránku predmetu je https://people.ksp.sk/~kuko/ds


Prezentácia: Rozdiel medzi revíziami

Z VPDS
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(→‎Termíny)
(→‎Príklady článkov)
Riadok 30: Riadok 30:
  
 
Zopár ukážok článkov, nemusíte si však vybrať z tohto zoznamu.  
 
Zopár ukážok článkov, nemusíte si však vybrať z tohto zoznamu.  
−
<!--
 
−
*  J. Fischer, V. Heun (2006) Theoretical and Practical Improvements on the RMQ-Problem, with Applications to LCA and LCE. CPM 2006. <i>Novší algoritmus na hľadanie najnižšieho spoločného predka, experimentálne porovnanie. </i> [http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.64.5439 pdf] 
 
−
-->
 
 
* Alstrup, Stephen, Cyril Gavoille, Haim Kaplan, and Theis Rauhe. "Nearest common ancestors: A survey and a new algorithm for a distributed environment." Theory of Computing Systems 37, no. 3 (2004): 441-456. [http://www.it-c.dk/research/algorithms/Kurser/AD/2003E/Uge6/nca.pdf]  
 
* Alstrup, Stephen, Cyril Gavoille, Haim Kaplan, and Theis Rauhe. "Nearest common ancestors: A survey and a new algorithm for a distributed environment." Theory of Computing Systems 37, no. 3 (2004): 441-456. [http://www.it-c.dk/research/algorithms/Kurser/AD/2003E/Uge6/nca.pdf]  
  
−
* Y. Xu, Y. Papakonstantinou (2007) Efficient LCA based keyword search in XML data. CIKM 2007: 1007-1010 [http://www.db.ucsd.edu/pubsFileFolder/298.pdf pdf] <i>Vyhľadávanie v XML pomocou LCA.</i> <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
* Hagai Cohen and Ely Porat (2010) Fast Set Intersection and Two-Patterns Matching. LATIN 2010. [http://www.springerlink.com/content/h6un61x8mh77652p/ Pdf od vydavateľa] <i>Štruktúra na rýchlejšie hľadanie prienikov utriedených množín</i>  
−
 
+
−
* Hagai Cohen and Ely Porat (2010) Fast Set Intersection and Two-Patterns Matching. LATIN 2010. [http://www.springerlink.com/content/h6un61x8mh77652p/ Pdf od vydavateľa] <i>Štruktúra na rýchlejšie hľadanie prienikov utriedených množín</i> <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
  
 
* L. Heng, R. Durbin (2009): Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics 25(14): 1754-1760 [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/25/14/1754 pdf] <i>Aplikácia BWT v bioinformatike.</i>
 
* L. Heng, R. Durbin (2009): Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics 25(14): 1754-1760 [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/25/14/1754 pdf] <i>Aplikácia BWT v bioinformatike.</i>
  
−
* Orlin, James B., et al. "A faster algorithm for the single source shortest path problem with few distinct positive lengths." Journal of Discrete Algorithms 8.2 (2010): 189-198. [http://dspace.mit.edu/openaccess-disseminate/1721.1/67886] <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
* Orlin, James B., et al. "A faster algorithm for the single source shortest path problem with few distinct positive lengths." Journal of Discrete Algorithms 8.2 (2010): 189-198. [http://dspace.mit.edu/openaccess-disseminate/1721.1/67886]  
  
 
* Gonzalo Navarro, Yakov Nekrich: Optimal Dynamic Sequence Representations. SODA 2013: 865-876 [http://arxiv.org/pdf/1206.6982]
 
* Gonzalo Navarro, Yakov Nekrich: Optimal Dynamic Sequence Representations. SODA 2013: 865-876 [http://arxiv.org/pdf/1206.6982]
  
−
* Holm, Jacob, Kristian De Lichtenberg, and Mikkel Thorup. "Poly-logarithmic deterministic fully-dynamic algorithms for connectivity, minimum spanning tree, 2-edge, and biconnectivity." Journal of the ACM (JACM) 48, no. 4 (2001): 723-760. [http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.89.919&rep=rep1&type=pdf pdf] <i>Ako udržiavať súvislé komponenty v dynamickom grafe. Dlhší článok, stačí naštudovať a prezentovať časť o súvislosti.</i> <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
* Holm, Jacob, Kristian De Lichtenberg, and Mikkel Thorup. "Poly-logarithmic deterministic fully-dynamic algorithms for connectivity, minimum spanning tree, 2-edge, and biconnectivity." Journal of the ACM (JACM) 48, no. 4 (2001): 723-760. [http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.89.919&rep=rep1&type=pdf pdf] <i>Ako udržiavať súvislé komponenty v dynamickom grafe. Dlhší článok, stačí naštudovať a prezentovať časť o súvislosti a aj tá je pomerne náročná.</i>
  
−
* Burcsi, Peter, Ferdinando Cicalese, Gabriele Fici, and Zsuzsanna Lipták. "Algorithms for jumbled pattern matching in strings." International Journal of Foundations of Computer Science 23, no. 02 (2012): 357-374. [http://arxiv.org/pdf/1102.1746.pdf] <i>Indexovanie textu aby sa dala vyhľadávať vzorka s permutovanými znakmi.</i> <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
* Burcsi, Peter, Ferdinando Cicalese, Gabriele Fici, and Zsuzsanna Lipták. "Algorithms for jumbled pattern matching in strings." International Journal of Foundations of Computer Science 23, no. 02 (2012): 357-374. [http://arxiv.org/pdf/1102.1746.pdf] <i>Indexovanie textu aby sa dala vyhľadávať vzorka s permutovanými znakmi.</i>  
  
 
* Wild, Sebastian, and Markus E. Nebel. "Average case analysis of Java 7’s dual pivot quicksort." In Algorithms–ESA 2012, pp. 825-836. Springer Berlin Heidelberg, 2012. [http://arxiv.org/pdf/1310.7409] <i>Síce ide o triedenie a nie dátové štruktúry, ale tieto dve oblasti spolu úzko súvisia.</i>  
 
* Wild, Sebastian, and Markus E. Nebel. "Average case analysis of Java 7’s dual pivot quicksort." In Algorithms–ESA 2012, pp. 825-836. Springer Berlin Heidelberg, 2012. [http://arxiv.org/pdf/1310.7409] <i>Síce ide o triedenie a nie dátové štruktúry, ale tieto dve oblasti spolu úzko súvisia.</i>  
Riadok 55: Riadok 50:
 
* Bender, Michael A., Roozbeh Ebrahimi, Jeremy T. Fineman, Golnaz Ghasemiesfeh, Rob Johnson, and Samuel McCauley. "Cache-Adaptive Algorithms." [http://www.cs.sunysb.edu/~rob/papers/cache-adaptive.pdf] <i>Zovšeboecnenie modelu cache-oblivious algoritmov.</i>
 
* Bender, Michael A., Roozbeh Ebrahimi, Jeremy T. Fineman, Golnaz Ghasemiesfeh, Rob Johnson, and Samuel McCauley. "Cache-Adaptive Algorithms." [http://www.cs.sunysb.edu/~rob/papers/cache-adaptive.pdf] <i>Zovšeboecnenie modelu cache-oblivious algoritmov.</i>
  
−
* Larkin, Daniel H., Siddhartha Sen, and Robert E. Tarjan. "A back–to–basics empirical study of priority queues." ALENEX 2014 [http://arxiv.org/pdf/1403.0252v1] <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
* Larkin, Daniel H., Siddhartha Sen, and Robert E. Tarjan. "A back–to–basics empirical study of priority queues." ALENEX 2014 [http://arxiv.org/pdf/1403.0252v1]  
  
−
* Bonomi, F., Mitzenmacher, M., Panigrahy, R., Singh, S., & Varghese, G. (2006). An improved construction for counting Bloom filters. In Algorithms–ESA 2006 (pp. 684-695). Springer. [http://www.eecs.harvard.edu/~michaelm/postscripts/esa2006b.pdf] <b>Tento článok je už obsadený.</b>
+
* Bonomi, F., Mitzenmacher, M., Panigrahy, R., Singh, S., & Varghese, G. (2006). An improved construction for counting Bloom filters. In Algorithms–ESA 2006 (pp. 684-695). Springer. [http://www.eecs.harvard.edu/~michaelm/postscripts/esa2006b.pdf]  
  
 
* Bender, Michael A., and Martın Farach-Colton. "The level ancestor problem simplified." Theoretical Computer Science 321.1 (2004): 5-12. [http://www3.cs.stonybrook.edu/~bender/newpub/2004-level.pdf pdf]
 
* Bender, Michael A., and Martın Farach-Colton. "The level ancestor problem simplified." Theoretical Computer Science 321.1 (2004): 5-12. [http://www3.cs.stonybrook.edu/~bender/newpub/2004-level.pdf pdf]
 +
 +
* Belazzougui D. Linear time construction of compressed text indices in compact space. STOC 2014 [http://arxiv.org/pdf/1401.0936]
 +
 +
* Darragh JJ, Cleary JG, Witten IH. Bonsai: a compact representation of trees. Software: Practice and Experience. 1993 Mar 1;23(3):277-91. [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/spe.4380230305/abstract]
 +
 +
* Gawrychowski P, Nicholson PK. Optimal Encodings for Range Top-k, Selection, and Min-Max. ICALP 2015 [http://arxiv.org/pdf/1411.6581]
 +
 +
* Chan TM, Wilkinson BT. Adaptive and approximate orthogonal range counting. SODA 2013 [https://cs.uwaterloo.ca/~tmchan/orcount_soda.pdf]
 +
 +
* Dumitran M, Manea F. Longest gapped repeats and palindromes. MFCS 2015 [http://arxiv.org/pdf/1511.07180]
 +
 +
* Ferragina P, Grossi R. The string B-tree: a new data structure for string search in external memory and its applications. JACM 1999 [http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.57.5939&rep=rep1&type=pdf]
 +
 +
* Belazzougui D, Gagie T, Gog S, Manzini G, Sirén J. Relative FM-indexes. SPIRE 2014 [http://jltsiren.kapsi.fi/papers/Belazzougui2014.pdf]
  
 
==Rady k hľadaniu článkov==
 
==Rady k hľadaniu článkov==

Verzia zo dňa a času 20:11, 6. február 2016

Cieľom prezentácie je precvičiť si prácu s odbornou literatúrou a oboznámiť sa s ďalšími výsledkami v oblasti dátových štruktúr. Každý študent si zvolí a podrobne naštuduje jeden odborný článok (z odbornej konferencie alebo časopisu) z tejto oblasti a ten odprezentuje spolužiakom na prednáške koncom semestra. Každý študent si musí zvoliť iný článok.

Termíny

  • Výber článku na prezentáciu do pondelka 18.4. v systéme Moodle. Každý článok môže prezentovať iba jeden študent, takže odovzdajte svoj výber radšej skôr. Kto si článok do uvedeného termínu nevyberie, bude mu nejaký priradený vyučujúcou.
  • Prezentácie na prednáškach v posledných týždňoch semestra
  • Prezentáciu vo formáte pdf odovzdať prostredníctvom Moodlu najneskôr 1 hodinu pred prednáškou, na ktorej máte prezentovať.

Rady k prezentácii

  • Na prezentáciu budete mať 15 minút (plus diskusia), pričom tento limit bude striktne dodržiavaný. Nechystajte si teda priveľa materiálu, rátajte aspoň 1,5 minúty na slajd.
  • K dispozícii bude dátový projektor a notebook, na ktorom bude nahraná vaša odovzdaná prezentácia. Môžete si priniesť aj vlastný počítač. Môžete použiť tabuľu, ale s mierou, lebo vysvetľovanie pri tabuli ide pomalšie.
  • Hlavným cieľom je porozprávať niečo zaujímavé z vášho článku vo forme prístupnej vašim spolužiakom (ktorí chodili na tento predmet, nepamätajú si však každý detail z každej prednášky). Nemusíte pokryť celý obsah článku a nemusíte použiť rovnaké poradie, označenie alebo príklady, ako autori článku.
  • Nedávajte do prezentácie veľa textu, použite dostatočne veľký font a dobre viditeľné farby (podobné farby, napr. žltá na bielej, nemusia byť na projektore vôbec viditeľné).
  • Použite čo najmenej definícií a označenia. Pojmy, algoritmy a dôkazy radšej ilustrujte na obrázku alebo príklade, než zložitým textom.

Typická osnova prezentácie (podľa potreby ju však možete meniť):

  • Úvod: aký problém autori študujú, prečo je dôležitý alebo zaujímavý? Má nejaký vzťah k učivu z prednášok, prípradne k iným predmetom?
  • Prehľad výsledkov: V čom je presne prínos autorov oproti predchádzajúcim prácam? Nemusíte robiť rozsiahly prehľad predchádzajúcich prác, len uveďte, čo je v článku nové. Malo by to byť jasné najmä z úvodu a záveru článku.
  • Jadro: Vysvetlite nejaký kúsok zo samotného obsahu článku (časť algoritmu alebo dôkazu, niektoré výsledky z testovania na dátach a pod.)
  • Záver: zhrnutie prezentácie, váš názor (čo sa Vám na článku páčilo alebo nepáčilo)

Typy vhodných článkov

  • Články o dátových štruktúrach alebo ich variantoch, ktoré neboli/nebudú pokryté na prednáške
  • Články empiricky porovnávajúce dátové štruktúry na reálnych dátach alebo popisujúce použitie týchto algoritmov v reálnych aplikáciach.
  • Články o podrobnejšej analýze dátových štruktúr: dolné a horné odhady, analýza v priemernom prípade a pod.

Príklady článkov

Zopár ukážok článkov, nemusíte si však vybrať z tohto zoznamu.

  • Alstrup, Stephen, Cyril Gavoille, Haim Kaplan, and Theis Rauhe. "Nearest common ancestors: A survey and a new algorithm for a distributed environment." Theory of Computing Systems 37, no. 3 (2004): 441-456. [1]
  • Hagai Cohen and Ely Porat (2010) Fast Set Intersection and Two-Patterns Matching. LATIN 2010. Pdf od vydavateľa Štruktúra na rýchlejšie hľadanie prienikov utriedených množín
  • L. Heng, R. Durbin (2009): Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics 25(14): 1754-1760 pdf Aplikácia BWT v bioinformatike.
  • Orlin, James B., et al. "A faster algorithm for the single source shortest path problem with few distinct positive lengths." Journal of Discrete Algorithms 8.2 (2010): 189-198. [2]
  • Gonzalo Navarro, Yakov Nekrich: Optimal Dynamic Sequence Representations. SODA 2013: 865-876 [3]
  • Holm, Jacob, Kristian De Lichtenberg, and Mikkel Thorup. "Poly-logarithmic deterministic fully-dynamic algorithms for connectivity, minimum spanning tree, 2-edge, and biconnectivity." Journal of the ACM (JACM) 48, no. 4 (2001): 723-760. pdf Ako udržiavať súvislé komponenty v dynamickom grafe. Dlhší článok, stačí naštudovať a prezentovať časť o súvislosti a aj tá je pomerne náročná.
  • Burcsi, Peter, Ferdinando Cicalese, Gabriele Fici, and Zsuzsanna Lipták. "Algorithms for jumbled pattern matching in strings." International Journal of Foundations of Computer Science 23, no. 02 (2012): 357-374. [4] Indexovanie textu aby sa dala vyhľadávať vzorka s permutovanými znakmi.
  • Wild, Sebastian, and Markus E. Nebel. "Average case analysis of Java 7’s dual pivot quicksort." In Algorithms–ESA 2012, pp. 825-836. Springer Berlin Heidelberg, 2012. [5] Síce ide o triedenie a nie dátové štruktúry, ale tieto dve oblasti spolu úzko súvisia.
  • Goel, Ashish, Sanjeev Khanna, Daniel H. Larkin, and Robert E. Tarjan. "Disjoint Set Union with Randomized Linking." SODA 2014 [6]
  • Bender, Michael A., Roozbeh Ebrahimi, Jeremy T. Fineman, Golnaz Ghasemiesfeh, Rob Johnson, and Samuel McCauley. "Cache-Adaptive Algorithms." [7] Zovšeboecnenie modelu cache-oblivious algoritmov.
  • Larkin, Daniel H., Siddhartha Sen, and Robert E. Tarjan. "A back–to–basics empirical study of priority queues." ALENEX 2014 [8]
  • Bonomi, F., Mitzenmacher, M., Panigrahy, R., Singh, S., & Varghese, G. (2006). An improved construction for counting Bloom filters. In Algorithms–ESA 2006 (pp. 684-695). Springer. [9]
  • Bender, Michael A., and Martın Farach-Colton. "The level ancestor problem simplified." Theoretical Computer Science 321.1 (2004): 5-12. pdf
  • Belazzougui D. Linear time construction of compressed text indices in compact space. STOC 2014 [10]
  • Darragh JJ, Cleary JG, Witten IH. Bonsai: a compact representation of trees. Software: Practice and Experience. 1993 Mar 1;23(3):277-91. [11]
  • Gawrychowski P, Nicholson PK. Optimal Encodings for Range Top-k, Selection, and Min-Max. ICALP 2015 [12]
  • Chan TM, Wilkinson BT. Adaptive and approximate orthogonal range counting. SODA 2013 [13]
  • Dumitran M, Manea F. Longest gapped repeats and palindromes. MFCS 2015 [14]
  • Ferragina P, Grossi R. The string B-tree: a new data structure for string search in external memory and its applications. JACM 1999 [15]
  • Belazzougui D, Gagie T, Gog S, Manzini G, Sirén J. Relative FM-indexes. SPIRE 2014 [16]

Rady k hľadaniu článkov

  • Podľa kľúčových slov sa články dobre hľadajú na Google Scholar. Tam okrem iného nájdete aj linky na iné články, ktoré daný článok citujú, čo môže byť dobrý zdroj ďalších informácií.
  • The DBLP Computer Science Bibliography je dobrý zdroj bibtexových záznamov, ak píšete projekt alebo inú prácu v Latexu a tiež sa dá použiť na nájdenie zoznamu článkov od jedného autora alebo z jednej konferencie a podobne.
  • ISI Web of Knowledge je oficiálna databáza hlavne časopiseckých článkov a citácií, prístupná z fakultnej siete. Menej pohodlná na použitie ako Google Scholar.
  • Konferencie CPM a SPIRE sú dobrým zdrojom článkov o vyhľadávaní v texte, iné dátové štuktúry nájdete na všeobecných konferenciách pre teoretickú informatiku, napr STOC, FOCS, SODA. ESA. WADS, MFCS, ISAAC. Praktické implementácie sú námetom konferencií WAE a ALENEX.

Väčšina databáz má linky na elektronické verzie článkov u vydavateľa. Tam väčšinou uvidíte aspoň voľne prístupný abstrakt, ktorý vám pomôže rozhodnúť, či Vás článok zaujíma. Pre niektoré zdroje (napr. ACM, IEEE a ďalšie) je plný text článku prístupný z fakultnej siete. Z domu sa môžete prihlásiť cez univerzitný proxy (v prehliadači nastavte automatický konfiguračný skript http://www.uniba.sk/proxy.pac ). Celý text článku (pdf) sa v mnohých prípadoch dá nájsť na webe (napr. na webstránke autora). V najhoršom prípade, ak neviete zohnať článok, ktorý k projektu alebo prezentácii veľmi potrebujete, kontaktujte ma e-mailom a môžem sa pokúsiť ho zohnať.

Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/vpds/index.php?title=Prezentácia&oldid=406“