Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Peter Kováč. Implementácia externých zdrojov dát v hľadaní génov. Bachelor thesis, Comenius University in Bratislava, 2010. Supervised by Broňa Brejová.

Download preprint: 10kovacth.pdf, 1558Kb

Download from publisher: http://stella.uniba.sk/zkp-storage/dzb/dostupne/FM/2010/2010-FM-wOWBUf/

Related web page: http://compbio.fmph.uniba.sk/exonhunter/

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

Hľadanie (predikcia) génov v DNA sekvenciách je jedným zo
základných problémov bioinformatiky. Problém sa často rieši
Viterbiho algoritmom na skrytých Markovových modeloch (HMM). Pri
hľadaní génov sa využívajú aj externé dáta - EST sekvencie,
proteínové sekvencie, zarovnania viacerých DNA sekvencií a
iné. Program ExonHunter okrem HMM obsahuje aj mechanizmus na
spraco- vanie externých dát. Pôvodné implementácie zahrnutia EST
a proteínových sekvencií do predikcie nevyhovovali kvôli dlhému
času spracovania. Programy zodpovedajúce za spracovanie sme preto
vymenili za potenciálne rýchlejšie. Upravený program sme
testovali na DNA sekvenciách mušky Drosophila melanogaster. V
prípade EST sekvencií sa nám podarilo dosiahnuť zlepšenie času za
cenu mierneho zhoršenia presnosti predikcie. V prípade
proteínových sekvencií sme zlepšili aj čas aj
presnosť. Porovnanie s inými programami ukázalo, že ExonHunter je
dobrý hlavne pri predikciách s využitím externých informácií.