Letná škola bioinformatiky 5.-11.9.2010
Škola v prírode 1. mája, Tatranská Lomnica

Táto akcia bola spolufinancovaná z prostriedkov grantu KEGA 058016UK4/2010.

Stránky pre účastníkov chránené heslom

Program letnej školy

Nedeľa, 5.9.

12:00 - príchod, obed, ubytovanie, príprava miestností

16:30 - Ľubomír Tomáška: Zo života kvasiniek (podvečerná diskusia o kvasinkách, ich živote a význame pre molekulárnu biológiu)

19:00 - Návrh bioinformatického programu 2. stupňa (workshop, lektori)

Pondelok, 6.9.

9:00 - Matej Lexa: Nové smery v analýze biologických sekvencií

11:00 - Semináre 1
Jakub Kováč: Preusporiadavanie genómov a segmentálne duplikácie
Matúš Valach: Analýza molekulárnej architektúry mitochondriálnych genómov kvasiniek

14:30 - Bronislava Brejová: Štatistika a R (1. diel, prednáška a cvičenia)

16:30 - Demonštrácie 1
Mária Palušáková: Rfam - databáza rodín RNA génov
Ladislav Rampášek: RNABob a RNAMot2 - vyhľadávania štrukturálnych RNA motívov
Matúš Valach: MEGA4 - fylogenetická analýza

Utorok, 7.9.

Výlet, neformálne diskusie

19:00 - Akademická kariéra, možnosti a perspektívy (diskusia)

Streda, 8.9.

9:00 - Katarína Boďová, Richard Kollár: Matematické modelovanie v biológii

11:00 - Semináre 2
Michal Nánási, Peter Kováč: Hľadanie génov a anotácia genomických sekvencií
Igor Zeman: Mitochondriálne transportéry

14:30 - Otázky a odpovede

16:30 - Demonštrácie 2
Eva Hegedusová: Entrez - NCBI databáza všetkého
Gabriela Gérecová: ExPASy a Uniprot - databáza a nástroje na prácu s proteínmi
Matej Lexa: gProfiler - analýza skupín génov z celogenómových experimentov

19:00 – Diskusia o navrhovanom bioinformatickom programe

Štvrtok, 9.9.

Výlet, neformálne diskusie

Piatok, 10.9.

9:00 - Demonštrácie 3
Martina Višňovská: LaTeX - príprava tex(t)ových dokumentov
Martin Králik: Bibtex - práca s referenciami a automatický import z ISBN
Martin Kravec: MEME/MAST - hľadanie motívov
Igor Zeman: Vector NTI - analýza DNA sekvencií

11:00 - Semináre 3
Lenka Matejovičová: Migration, recirculation and search: a problem in starting immune responses
Lenka Abelovská: Mitochondrie - dynamické organely

14:30 - Bronislava Brejová: Štatistika a R (2. diel)

16:30 - Otázky a odpovede

Sobota, 11.9.

10:00 - balenie techniky, upratovanie, odchod