Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Milan Mikula. Anotácia zhlukov génov. Bachelor thesis, Comenius University in Bratislava, 2011. Supervised by Tomáš Vinař.

Download preprint: 11mikulath.pdf, 2650Kb

Download from publisher: not available

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

V genóme eukaryotických organizmov sa vyskytujú zhluky génov,
čo sú sekvencie DNA, v ktorých sa opakujú kúsky sekvencií
iba s malými zmenami. Existujúce programy na anotáciu génov,
ako napríklad Exonerate, ktorý vytvára anotáciu pomocou
proteínových zarovnaní, nefungujú na týchto úsekoch DNA
s dobrými výsledkami. V našej práci používame program
Exonerate na vytvorenie predbežnej anotácie obsahujúcej
množstvo zmätočných transkriptov, ktorú potom upravujeme
novovytvoreným algoritmom. Problém anotácie sme transformovali
na úlohu z teórie grafov, ktorú sme riešili heuristikou.
Výsledky algoritmu sme testovali pri použití rôznych vstupných
parametrov na zhlukoch génov AMY a PRAME na DNA sekvenciách
z makaka a človeka. Náš algoritmus splnil očakávania
a podstatne vylepšil výstup programu Exonerate, ktorý teraz
zmysluplne anotuje aj sekvenciu obsahujúcu zhluky génov.