Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Pavol Kmeč. Vykresľovanie RNA motívov. Master thesis, Comenius University in Bratislava, 2013. Supervised by Tomáš Vinař.

Download preprint: 13kmecth.pdf, 6937Kb

Download from publisher: http://alis.uniba.sk/storage/ddp/dostupne/FM/2013/2013-FM-20994/

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

Cieľom tejto práce bolo vyvinúť novú metódu na automatické vykresľovanie RNA
motívov. Aplikovali sme jednu z metód silovo riadeného vykresľovanie grafov
a grafových štruktúr. Táto metóda postupne transformuje graf tak, že používa rôzne
typy síl pôsobiace na vrcholy a podľa nich postupne posúva vrcholy na nové miesta, až
kým sa graf nedostane do rovnovážneho stavu. Týmito silami je možné kontrolovať
pravidlá výsledného nakreslenia grafu. Na vytvorenie grafu RNA motívu sme použili
jeden zo štandardných deskriptorov používanom v nástroji RNABob. Metódu silovo
riadeného vykresľovania grafov sme rozšírili a prispôsobili požiadavkám, ktoré
popisujú správne nakreslený RNA motív. V tejto práci sú podrobne popísane jednotlivé
funkcie našej metódy a ich implementácia do nástroja, ktorý automaticky RNA motívy
vykresľuje. Tento nástroj sme testovali na rôznych typoch RNA motívov a výsledky
sme porovnávali s ich preferovanými ručnými nakresleniami.