Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Michal Anderle. Časovanie udalostí pri inferencii duplikačných histórií. Bachelor thesis, Comenius University in Bratislava, 2014. Supervised by Tomáš Vinař.

Download preprint: 14anderleth.pdf, 826Kb

Download from publisher: http://alis.uniba.sk/storage/dzb/dostupne/FM/2014/2014-FM-60102/

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

Nosičom genetickej informácie v bunkách živých organizmov je
DNA. Zaujímavou otázkou je, či vieme podľa DNA súčasných druhov
určiť, ako vyzerala DNA sekvencia ich predkov. V rámci evolúcie
musíme rátať s náhodnými udalosťami, ktoré ovplyvňovali danú
sekvenciu, či už sú to jednoznakové substitúcie alebo väčšia
evolučné udalosti ako duplikácie a delécie. Práve tie vytvárajú
duplikačné histórie popisujúce postupný vývoj genómu. Dôležitým
prvkom týchto histórií je načasovanie jednotlivých udalostí. V
našej práci si predstavíme model na výpočet pravdepodobnosti
duplikačných histórií a postup, ktorý sa používa na upravovanie
časov vo fylogenetickom strome s cieľom získania stromu s väčšou
pravdepodobnosťou. Tento prístup upravíme tak, aby bol
aplikovateľný na časovanie udalostí v duplikačných
históriách. Našu implementáciu potom otestujeme na simulovaných
dátach a dosiahnee pozitívne výsledky ukazujúce, že náš prístup
zlepšuje duplikačné histórie a má potenciál na využitie pri
reálnych dátach.