Marcel Schichman. Zarovnávanie sekvenovacích dát s vysokým počtom chýb. Bachelor thesis, Comenius University in Bratislava, 2015. Supervised by Vladimír Boža.

Download preprint: not available

Download from publisher: not available

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

Cieľom tejto práce bolo vytvoriť nástroj na mapovanie čítaní sekvenovacieho
zariadenia PacBio RS II na referenčný genóm. Tieto čítania sa sa vyznačujú
dĺžkou, avšak chybovosť dosahuje až 14%. Výslednú aplikáciu dostupnú na
adrese https://github.com/marcelschichman/bakalarka sme
porovnávali s oficiálnym nástrojom na tento účel s názvom BLASR. Rýchlosťou
náš nástroj niekoľkonásobne prekonal BLASR, ale bol menej úspešný zarovnávať
čítania na genóm ako jeden celok. Príčinou nezarovnaných úsekov bol rozdiel
medzi referenčným genómom a genómom živočícha, z ktorého boli získavané
čítania.