Medziodborové štúdium bioinformatiky: Koncepcia štúdia a realizácia pilotných predmetov

Projekt 058-016UK-4/2010 bol financovaný agentúrou KEGA v rokoch 2010-2011.

Bioinformatika je vedná oblasť na pomedzí biológie, informatiky a matematiky. Dlhodobým riešením nedostatku odborníkov na túto oblasť na Slovensku je vybudovanie študijného programu bioinformatiky na úrovni II. stupňa vysokoškolského štúdia. V rámci tohto projektu sme vypracovali koncepciu realizácie takéhoto študijného programu. Navrhli sme dve alternatívy: v krátkodobom horizonte je štúdium bioinformatiky možné začleniť do už existujúcich študijných programov informatiky, v dlhodobom horizonte je možné usilovať o zavedenie samostatného študijného odboru a programu, ktorý bude symetrickým spôsobom nadväzovať na štúdium I. stupňa v biologických aj informatických odboroch. V rámci projektu sme pripravili tri pilotné predmety: "Metódy v bioinformatike", "Základy programovania pre biológov" a "Genomika". Ku predmetu "Metódy v bioinformatike" sme navyše pripravili skriptá, ktoré sú prvým uceleným materiálom na túto tému v slovenskom jazyku. Predmety boli úspešne uvedené do praxe a stali sa súčasťou niekoľkých študijných programov na FMFI UK a PriF UK. Za účelom doškolenia študentov a odborníkov, ktorí sa už niektorými aspektami bioinformatiky zaoberajú, sme pripravili dve letné školy s účasťou zahraničných lektorov, na ktorých sa spolu zúčastnilo vyše 100 účastníkov. Pre študentov informatiky sme tiež pripravili týždenný laboratórny kurz, kde sa oboznámili so základmi práce v biochemickom laboratóriu prostredníctvom prípravy vzoriek na sekvenovanie.

Koncepcia štúdia

Materiál "Koncepcia medziodborového štúdia bioinformatiky"

Realizované predmety

Súhrnná správa a výsledky študentských ankiet

Metódy v bioinformatike (2-AIN-501)

Cieľ predmetu: Úvod do základných problémov a metód bioinformatiky, oboznámenie sa s ich praktickou aplikáciou a limitáciami.

Stručná osnova predmetu: Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov. Štruktúra a funkcia proteínov. Vybrané aktuálne témy.

Zaradenie do študijných programov: aplikovaná informatika (povinne voliteľný), informatika (výberový), biochémia (výberový), genetika (výberový)

Základy programovania pre biológov (2-AIN-502)

Cieľ predmetu: Písanie jednoduchých programov na spracovanie dát, práca s databázovými aplikáciami

Stručná osnova predmetu: Základy práce s operačným systémom Linux. Písanie jednoduchých programov v jazyku Perl. Práca so súbormi. Databázy UCSC genome browsera a ich používanie.

Zaradenie do študijných programov: biochémia (výberový), genetika (výberový)

Genomika (N-mCBI-303)

Cieľ predmetu: Cieľom prednáškového kurzu je oboznámiť poslucháčov magisterských štúdijných programov genetika a biochémia so základmi a významom genomiky a funkčnej analýzy kompletných genómov pre moderný biomedicínsky výskum. V rámci kurzu budú prezentované experimentálne stratégie, ktoré umožňujú stanoviť kompletné sekvencie genómov, identifikovať v nich gény a následne skúmať ich biologické funkcie.

Stručná osnova predmetu: Anatómia genómu. Nové prístupy v technológii sekvenovania DNA. Princípy anotácie a analýzy sekvencií kompletných genómov. Komparatívna a populačná genomika. Metagenomika. Funkčná analýza kompletných genómov a transkriptomika. Stratégie analýzy sietí génov a proteínov. Úvod do systémovej biológie. Genomika a personalizovaná medicína. Syntetická biológia.

Zaradenie do študijných programov: genetika (povinný), biochémia (výberový), molekulárna biológia (výberový), biotechnológie (výberový)

Web stránka predmetu

Letné a zimné školy

Súhrnná správa

Ďalšie aktivity

Séria článkov v časopise .týždeň

	Koľko génov má človek? .týždeň, 9/2010
	Ako sa líšime od šimpanzov? .týždeň, 10/2010
	Chameleóni genómov .týždeň, 11/2010
	DNA vyhynutých druhov .týždeň, 12/2010
	Medicína budúcnosti .týždeň, 13/2010