MBI 2015/2016
Z MBI
Literatúra:
- BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
- Verzia z 1.10.2015: pdf
- DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
- ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
Prezentácie
- všetky prednášky v jednom pdf
- všetky cvičenia pre biológov v jednom pdf
- všetky cvičenia pre informatikov v jednom pdf
| Týždeň 21.-27.9. | |||
| PR: | Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov | ||
| CI: | Nebude | ||
| CB: | Úvod do informatiky (začínajú 15:40) | ||
| Týždeň 28.9.-4.10 | |||
| PR: | Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | ||
| BV kap. 1 | |||
| CI: | Úvod do biológie | poznámky | |
| ZB kap. 1 | |||
| CB: | Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | poznámky | |
| Týždeň 5.-11.10. | |||
| PR: | Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | ||
| BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2 | |||
| CI: | Úvod do dynamického programovania, proteomika | poznámky | |
| CB: | nebude | ||
| Týždeň 12.-18.10. | |||
| PR: | nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 | ||
| CI: | Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | poznámky | |
| CB: | Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) | poznámky | |
| Týždeň 19.-25.10. | |||
| PR: | Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | ||
| BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5 | |||
| CI: | Úvod do pravdepodobnosti | poznámky | |
| CB: | Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | poznámky | |
| Týždeň 26.10.-1.11. | |||
| PR: | Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | ||
| BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2 | |||
| CI: | BLAST, jadrá s medzerami | poznámky | |
| CB: | Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov | poznámky | |
| Týždeň 2.-8.11. | |||
| PR: | Hľadanie génov, skryté Markovove modely | ||
| BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7 | |||
| CI: | Felsensteinov algoritmus, substitučné modely | poznámky | |
| CB: | Substitučné modely, skryté Markovove modely | poznámky | |
| Týždeň 9.-15.11. | |||
| PR: | Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | ||
| BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8 | |||
| CI: | Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | poznámky | |
| CB: | E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika | poznámky | |
| Týždeň 16.-22.11. | |||
| PR: | Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | ||
| DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1 | |||
| CI: | Algoritmy pre HMM a phyloHMM | poznámky | |
| CB: | Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | poznámky | |
| Týždeň 23.-29.11. | |||
| PR: | Štruktúra a funkcia proteínov | ||
| DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2 | |||
| CI: | Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | poznámky | |
| CB: | Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD | poznámky | |
| Týždeň 30.11.-6.12. | |||
| PR: | RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | ||
| DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9 | |||
| CI: | Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | poznámky | |
| CB: | RNA štruktúra, skórovacie matice | poznámky | |
| Týždeň 7.-13.12. | |||
| PR: | Populačná genetika | ||
| CI: | Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | poznámky | |
| CB: | Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry | poznámky | |
| Týždeň 14.-20.12. | |||
| PR: | Nepovinné prezentácie | ||
