1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2014/2015: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 2.1.2014: {{pdf|skripta-...“)
 
Riadok 2: Riadok 2:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
** Verzia z 2.1.2014: {{pdf|skripta-2014-01-02}}
+
** Verzia z 2.1.2014: [[Media:skripta-2014-01-02.pdf|pdf]]
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Riadok 12: Riadok 12:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|22.-28.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov | {{pdf|p01}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 22.-28.9.'''
{{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci01}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{Lit | ZB kap. 1}}
+
{{R | CB| Úvod do informatiky | {{pdf|cb01}} | }}
+
 
|-
 
|-
{{T|29.9.-5.10|}}
 
{{R | PR| Sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p02}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{R | CI| Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|ci02-msms}} | [[CI02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|6.-12.10.|}}
+
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov  || [[Media:p01.pdf|pdf]]  ||
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p03}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
+
{{R | CI|Nebudú | | }}
+
{{R | CB|Nebudú | | }}
+
 
|-
 
|-
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{R | PR|Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40 | | }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]]}}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti | | [[CB03|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|20.-26.10.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do biológie  || [[Media:ci01.pdf|pdf]] || [[CI01|poznámky]]  
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
+
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti |{{pdf|Ci02}} | [[CI04|poznámky]]}}
+
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb03}} | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|27.10.-2.11.|}}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
+
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
+
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci04}} | [[CI05|poznámky]]}}
+
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  | [[CB05|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, substitučné modely | | [[CI06|poznámky]]}}
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|10.-16.11.|}}
+
| ''' CB:''' || Úvod do informatiky  || [[Media:cb01.pdf|pdf]] ||
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
+
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | [[CI07|poznámky]]}}
+
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb04}}, {{pdf|cb05}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci07}} | [[CI08|poznámky]]}}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb08}} | [[CB08|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|24.-30.11.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 29.9.-5.10'''
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
+
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | {{pdf|cb08}} | [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|1.-7.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | [[CI10|poznámky]] }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB10|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|8.-14.12.|}}
+
| ''' PR:''' ||  Sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||  [[Media:p02.pdf|pdf]]  || 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
+
|-
{{Lit | }}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | {{pdf|ci12}} | [[CI11|poznámky]] }}
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | {{pdf|cb12}}, {{pdf|cb09}} | [[CB11|poznámky]] }}
+
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||  [[Media:ci02-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  ||  ||  [[CB02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 6.-12.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  [[Media:p03.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Nebudú  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Nebudú  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 13.-19.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' || Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti  ||  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 20.-26.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p04.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:Ci02.pdf|pdf]]  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||  [[Media:cb03.pdf|pdf]]  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 27.10.-2.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p06.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||  [[Media:ci04.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||    ||  [[CB05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 3.-9.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p05.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, substitučné modely  ||  ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, skryté Markovove modely ||  ||  [[CB06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 10.-16.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p07.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||  ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||  [[Media:cb04.pdf|pdf]], [[Media:cb05.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 17.-23.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p09b.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||  [[Media:ci07.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||  [[Media:cb08.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 24.-30.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p08.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||  [[Media:cb08.pdf|pdf]]  ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 1.-7.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p12.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík  ||  ||  [[CI10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam  ||  ||  [[CB10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 8.-14.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' |Populačná genetika || [[Media:p11.pdf|pdf]]  ||
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA || [[Media:ci12.pdf|pdf]]  || [[CI11|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' |Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD || [[Media:cb12.pdf|pdf]], [[Media:cb09.pdf|pdf]]  ||  [[CB11|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 15.-21.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 
|-
 
|-
{{T|15.-21.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 17:11, 11. september 2015

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Týždeň 22.-28.9.
PR: Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov pdf
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky pdf
Týždeň 29.9.-5.10
PR: Sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Nebudú
CB: Nebudú
Týždeň 13.-19.10.
PR: Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 20.-26.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií pdf poznámky
Týždeň 27.10.-2.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 3.-9.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 10.-16.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika pdf, pdf poznámky
Týždeň 17.-23.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta pdf poznámky
Týždeň 24.-30.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním pdf poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík poznámky
Týždeň 1.-7.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
Týždeň 8.-14.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD pdf, pdf poznámky
Týždeň 15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie