MBI 2014/2015

Literatúra:

• BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
  • Verzia z 2.1.2014: pdf
• DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
• ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Týždeň 22.-28.9.
PR:	Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov	pdf
CI:	Úvod do biológie	pdf	poznámky
	ZB kap. 1
CB:	Úvod do informatiky	pdf
Týždeň 29.9.-5.10
PR:	Sekvenovanie a zostavovanie genómov	pdf
	BV kap. 1
CI:	Úvod do dynamického programovania, proteomika	pdf	poznámky
CB:	Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser		poznámky
Týždeň 6.-12.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie	pdf
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI:	Nebudú
CB:	Nebudú
Týždeň 13.-19.10.
PR:	Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40
CI:	Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií		poznámky
CB:	Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti		poznámky
Týždeň 20.-26.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie	pdf
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI:	Úvod do pravdepodobnosti	pdf	poznámky
CB:	Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií	pdf	poznámky
Týždeň 27.10.-2.11.
PR:	Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)	pdf
	BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI:	BLAST, jadrá s medzerami	pdf	poznámky
CB:	Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov		poznámky
Týždeň 3.-9.11.
PR:	Hľadanie génov, skryté Markovove modely	pdf
	BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI:	Felsensteinov algoritmus, substitučné modely		poznámky
CB:	Substitučné modely, skryté Markovove modely		poznámky
Týždeň 10.-16.11.
PR:	Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM	pdf
	BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI:	Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM		poznámky
CB:	E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika	pdf, pdf	poznámky
Týždeň 17.-23.11.
PR:	Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách	pdf
	DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI:	Algoritmy pre HMM a phyloHMM	pdf	poznámky
CB:	Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta	pdf	poznámky
Týždeň 24.-30.11.
PR:	Štruktúra a funkcia proteínov	pdf
	DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI:	Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním	pdf	poznámky
CB:	Úvod do bezkontextových gramatík		poznámky
Týždeň 1.-7.12.
PR:	RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín	pdf
	DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI:	Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík		poznámky
CB:	RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam		poznámky
Týždeň 8.-14.12.
PR:	Populačná genetika	pdf
CI:	Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA	pdf	poznámky
CB:	Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD	pdf, pdf	poznámky
Týždeň 15.-21.12.
PR:	Nepovinné prezentácie