1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


Výsledky vyhľadávania

Prejsť na: navigácia, hľadanie

Vytvoriť na tejto wiki stránku „$1“! Pozrite si tiež stránky nájdené vašim vyhľadávaním.

  • CB04
    ** po 1.6% označených CG, GC. ...cted DNA sequence(s)" by sa Vam malo v oboch riadkoch objavit "Pasted file 1"
    14 KB (1 797 slov) - 11:57, 16. november 2023
  • CI12
    ...enne musia mat celociselne hodnoty, alebo dokonca povolime iba hodnoty 0 a 1. * Pouzijeme binarne premenne x_1..x_n, kde x_i = 1 prave vtedy ked sme zobrali i-ty predmet.
    6 KB (991 slov) - 10:03, 14. december 2023
  • MBI 2009/2010
    ** G = dlzka genomu, napr. 1 000 000 ** Priklad 1: hodime idealizovanou kockou, premenna X bude hodnota, ktoru dostaneme
    85 KB (10 405 slov) - 20:30, 1. október 2014
  • Discussion
    ...tem for course discussion and announcements<!-- , within course team "2021 1-BIN-301 Methods in Bioinformatics". -->
    635 B (98 slov) - 11:03, 21. september 2022
  • Prvaci2016
    ** Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset
    3 KB (531 slov) - 23:08, 11. september 2016
  • MBI 2015/2016
    ** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]] | || colspan="3" | '' BV kap. 1''
    153 KB (24 430 slov) - 14:44, 1. december 2016
  • MBI 2011/2012
    * Priklad 1: hodime idealizovanou kockou, premenna X bude hodnota, ktoru dostaneme * Mozne hodnoty 1,2,..,6, kazda rovnako pravdepodobna
    122 KB (18 985 slov) - 11:18, 4. október 2012
  • MBI 2010/2011
    * Strom s n vrcholmi ma n-1 hran * Zakoreneny binarny strom s n listami ma n-1 vnutornch vrcholov, teda 2n-2 hran
    125 KB (19 534 slov) - 21:35, 2. október 2011
  • Journal club papers
    ...biotechnology, 37(2), pp.152-159. https://doi.org/10.1038/s41587-018-0010-1 '''Man, Király, Pidlypska, Bisták, Pizarroso Troncoso, Mayoz Aranda, Alon ...g phosphorylation sites and mutations in cancer. Nature communications, 12(1), p.2313. https://doi.org/10.1038/s41467-021-22481-w '''Lebed, Korbeľová,
    4 KB (520 slov) - 10:17, 19. október 2023
  • CI05
    ...nania, v ktorom má každá pozícia pravdepodobnosť p, že bude zhoda a (1-p), ze bude nezhoda alebo medzera, zarovnanie ma dlzku L * Nahodna premenna X_i = 1 ak na pozicii i je zhoda, 0 inak
    15 KB (2 339 slov) - 12:10, 20. október 2023
  • CB06
    ..., v ktorom má každý vnútorný vrchol 2 deti. Takýto strom vždy má n-1 vnútorných vrcholov a 2n-2 vetiev (prečo?) ...aciu takychto vymen dostavame ine poradie, celkovy pocet poradi je 2<sup>n-1</sup>
    9 KB (1 586 slov) - 16:20, 26. október 2023
  • CB:phylo
    IQ-TREE 1.5.5 built Jun 21 2017 A-T: 1.0000
    18 KB (1 328 slov) - 18:18, 15. november 2018
  • MBI 2012/2013
    * Napr mame mince hodnoty 1,2,5 centov, z kazdej dostatok kusov * Ake je riesenie? 5+5+2+1 (4 mince)
    151 KB (21 741 slov) - 21:11, 1. október 2014
  • MBI 2014/2015
    ** Verzia z 2.1.2014: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]] | || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
    169 KB (24 780 slov) - 17:10, 12. november 2015
  • CB05
    ...a matematicka teoria [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.html] * Napr blastn pre skorovaci system zhoda 1, nezhoda -1, medzera -2 používa lambda=0.800, K=0.0640
    3 KB (525 slov) - 14:08, 19. október 2023
  • CI08
    ** Nech listy su 1..n a vnut. vrcholy n+1..2n-1, pricom koren je 2n-1. ...modeli <math>P(A|A,t) = (1+3e^{-\frac{4}{3} t})/4 </math>, <math>P(C|A,t)=(1-e^{-\frac{4}{3} t})/4</math>
    3 KB (528 slov) - 10:16, 12. november 2020
  • CI06
    <math>Pr(S, A) = \pi_{A_1} e_{A_1,S_1} \prod_{i=2}^n a_{A_{i-1, A_i}} e_{A_i, S_i} </math> ** <math>V[1,u] = \pi_u e_{u,S_1}</math> (*)
    8 KB (1 364 slov) - 09:31, 28. október 2020
  • CB10
    ...se-1-phosphate uridylyltransferase u baktérie Haemophilus influenzae (GAL-1-P) ([https://www.uniprot.org/uniprot/P31764 Uniprot]) ** GAL-1-P má domény [https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF02744/ GalP_UDP_
    7 KB (1 097 slov) - 11:47, 7. december 2023
  • CB11
    cd 1-seq spades.py -t 1 -m 1 --pe1-1 miseq_R1.fastq.gz --pe1-2 miseq_R2.fastq.gz -o spades > spades.log
    6 KB (1 023 slov) - 15:13, 16. november 2023
  • CI09
    ** <math>\Pr(S_i|W,o_i) = \prod_{j=1}^{L} W[S_i[j+o_i-1],j] \prod_{j=1}^{o_i-1} q[S_i[j]] \prod_{j=o_i+L}^m q[S_i[j]]</math> ** <math>\Pr(S|W,O) = \prod_{i=1}^n \Pr(S_i|W,o_i)</math>
    13 KB (2 145 slov) - 20:22, 18. november 2020
  • CI11
    0 0 0 1 1 2 3 3 3 4 4 4 G 0 0 0 1 2 2 2 2 3 4 4 A
    3 KB (370 slov) - 14:54, 8. december 2022
  • CB02
    Príklad 1: hodíme idealizovanou kockou, premenná X bude hodnota, ktorú dostaneme * Možné hodnoty 1,2,..,6, každá rovnako pravdepodobná
    10 KB (1 694 slov) - 16:00, 6. október 2022
  • CI02
    Príklad 1: hodíme idealizovanou kockou, premenná X bude hodnota, ktorú dostaneme * Možné hodnoty 1,2,..,6, každá rovnako pravdepodobná
    10 KB (1 494 slov) - 15:40, 30. september 2022
  • Rules
    * Course 1-BIN-301 is for computer-science related programs, namely BIN, INF, mINF, mA * Quizzes 10% (each week 1%)
    6 KB (1 047 slov) - 15:29, 16. november 2023
  • Materials
    {{W|1}}, {{W|2}}, {{W|3}}, {{W|4}}, {{W|5}}, {{W|6}}, {{W|7}}, {{W|8}}, {{W|9}}, {{T|Sept. 21||1}}
    7 KB (903 slov) - 10:51, 7. december 2023
  • Tasks and dates
    {| border="1" style="border-collapse:collapse" {{DU | Homework 1 | Oct. 20, 2023 | Nov. 8, 2023 22:00}}
    2 KB (299 slov) - 16:21, 30. november 2023
  • MBI 2013/2014
    * Priklad 1: hodime idealizovanou kockou, premenna X bude hodnota, ktoru dostaneme * Mozne hodnoty 1,2,..,6, kazda rovnako pravdepodobna
    169 KB (24 577 slov) - 21:09, 1. október 2014
  • MBI 2020/2021
    ** Verzia z 1.10.2015: ...n="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
    182 KB (29 744 slov) - 10:38, 22. september 2021
  • Exam
    Exam is for 1-BIN-301 (mainly AIN, BIN, DAV, INF students). ...nt of sequences TACGT and CAGGATT, where the match has score +3, mismatch -1, gap -2. Reconstruct also the optimal alignments found by the dynamic progr
    13 KB (1 906 slov) - 16:27, 7. december 2023
  • CB-aln-dp
    # 1: MCA_00027_1 # 1: MCA_00027_1
    13 KB (473 slov) - 16:24, 14. október 2021
  • CI07
    * Sucet kazdeho riadku je 1 ...azovali iba diskretne (celociselne) casy, stacilo by nam urcit iba <math>S(1)</math> a vsetky ostatne casy dostaneme umocnenim tejto matice. Je vsak ele
    10 KB (1 876 slov) - 15:24, 5. november 2020
  • CI03
    ...ca/~binma/cs882/], [http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.85.933&rep=rep1&type=pdf Bafna, Reinert 2004] * hmotnosti aminokyselín ''a[1],...,a[20]'',
    5 KB (853 slov) - 20:58, 7. október 2020
  • CI04
    ...y_n</math>. Nech s(x,y) je skóre písmen x a y, t.j. 1 ak sa zhodujú a -1 ak nie. Máme rekurenciu: :::<math>A[i,j]=\max\left\{A[i-1,j-1]+s(x_i,y_j), A[i-1,j]-1, A[i,j-1]-1\right\}</math>
    7 KB (1 399 slov) - 16:03, 2. november 2021
  • MBI 2016/2017
    ** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]] | || colspan="3" | '' BV kap. 1''
    160 KB (25 836 slov) - 20:00, 26. september 2018
  • MBI 2017/2018
    ** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]] | colspan="4" | '''Týždeň 25.9.-1.10.'''
    164 KB (26 450 slov) - 22:05, 23. september 2019
  • CB07
    <TABLE border=1> <TR><TD>smallest item</TD><TD ALIGN=RIGHT>1</TD></TR>
    11 KB (1 749 slov) - 22:59, 9. november 2023
  • CB08
    ::<math>c_1, c_2, ..., c_t \; (1 \leq c_i \leq k)</math> - priradenie vektoru k zhluku <math>J(\mu, c) = \sum_{i = 1}^t \big\| x_i - \mu_{c_i} \big\|_2^2</math>
    10 KB (1 453 slov) - 12:02, 7. december 2023
  • MBI 2018/2019
    ** Verzia z 1.10.2015: | || colspan="3" | '' BV kap. 1''
    164 KB (26 510 slov) - 12:10, 19. november 2019
  • MBI 2019/2020
    ** Verzia z 1.10.2015: | || colspan="3" | '' BV kap. 1''
    172 KB (28 052 slov) - 22:12, 7. október 2020
  • CB03
    * Uvažujme skórovanie zhoda +3, nezhoda -1, medzera -2 * Rekurencia: A[i,j] = max {A[i-1,j]-2, A[i,j-1]-2, A[i-1,j-1]+s(x_i, y_j) }, pričom A[0,i]=-2i, A[i,0]=-2i
    6 KB (975 slov) - 16:02, 6. október 2022
  • MBI 2022/2023
    ...3" | '' BV chapter 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2] | || colspan="3" | '' ZB chapter 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
    188 KB (30 556 slov) - 21:38, 18. september 2023
  • MBI 2021/2022
    [[#w1|Week 1]], [[#w2|Week 2]], [[#w3|Week 3]], [[#w4|Week 4]], [[#w5|Week 5]], [[#w6|We ...| '' BV chapter 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs SK video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E SK video 2]
    175 KB (28 276 slov) - 14:56, 21. september 2022

Zobraziť (predošlých 50 | ďalších 50) (20 | 50 | 100 | 250 | 500).

Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php/Špeciálne:Hľadanie/$1“