MBI 2018/2019

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

• BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
  • Verzia z 1.10.2015:
• DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
• ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Týždeň 24.-30.9.
PR:	Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
	BV kap. 1
CI:	Úvod do biológie		poznámky
	ZB kap. 1
CB:	Úvod do informatiky, UCSC genome browser		poznámky
Týždeň 1.-7.10.
PR:	Zostavovanie genómov 2
CI:	Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní		poznámky
CB:	Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti		poznámky
Týždeň 8.-14.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI:	Úvod do dynamického programovania, proteomika		poznámky
CB:	Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty		poznámky
Týždeň 15.-21.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI:	Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií		poznámky
CB:	Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy		poznámky
Týždeň 22.-28.10.
PR:	Hľadanie génov, skryté Markovove modely
	BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI:	BLAST, rýchle hľadanie podobnosti
CB:	Skryté Markovove modely, E-value		poznámky
Týždeň 29.10.-4.11. sviatky
Týždeň 5.-11.11.
PR:	Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
	BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI:	Algoritmy pre HMM		poznámky
CB:	Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus		poznámky
Týždeň 12.-18.11.
PR:	Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
	BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI:	Substitučné modely		poznámky
CB:	Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy		poznámky
Týždeň 19.-25.11.
PR:	Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
	DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI:	Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM		poznámky
CB:	Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction		poznámky
Týždeň 26.11.-2.12.
PR:	Štruktúra a funkcia proteínov
	DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI:	Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním		poznámky
CB:	Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot		poznámky
Týždeň 3.-9.12.
PR:	RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
	DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI:	Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík		poznámky
CB:	Nussinovovej algoritmus		poznámky
Týždeň 10.-16.12.
PR:	Populačná genetika
CI:	RNA štruktúra		poznámky
CB:	Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika		poznámky
Týždeň 17.-23.12.
PR:	Nepovinné prezentácie
CI:	Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania		poznámky
CB:	Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku		poznámky