1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2015/2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 1.10.2015: Media:skri...“)
 
Riadok 27: Riadok 27:
 
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|5.-11.10.|}}
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  |[[CB02|poznámky]]  
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|cb-dp}}, {{pdf|ci-msms}} | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | CB|nebude | | }}
+
 
|-
 
|-
{{T|12.-18.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|19.-25.10.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 5.-11.10.'''
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
+
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|ci-coverage}} | [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|26.10.-1.11.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci-seeds}} | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.11.|}}
+
| ''' PR:''' || Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  || [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]   ||
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
+
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, substitučné modely | | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.11.|}}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
+
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.11.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]], [[Media:ci-msms.pdf|pdf]] || [[CI02|poznámky]]  
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
+
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | {{pdf|cb-kmeans}} |  [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, skórovacie matice | [[CB10|poznámky]] |  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|7.-13.12.|}}
+
| ''' CB:''' || nebude  ||  || 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
|-
{{Lit | }}
+
|-
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | [[CI11|poznámky]] | {{pdf|ci-summary}} }}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry | [[CB11|poznámky]] | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 12.-18.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) ||  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 19.-25.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  ||  [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||  [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 26.10.-1.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||  [[Media:ci-seeds.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||  [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, substitučné modely  ||  ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, skryté Markovove modely ||  ||  [[CB06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||  [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||  [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||  [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 30.11.-6.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík  ||  [[CI10|poznámky]]  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  RNA štruktúra, skórovacie matice  ||  [[CB10|poznámky]]  || 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 7.-13.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA |[[CI11|poznámky]] || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry |[[CB11|poznámky]] || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 14.-20.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 
|-
 
|-
{{T|14.-20.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 09:48, 21. september 2016

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky (začínajú 15:40) pdf
28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf, pdf poznámky
CB: nebude
Týždeň 12.-18.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií pdf poznámky
Týždeň 26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov pdf poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika pdf, pdf poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta pdf poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním pdf poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, skórovacie matice poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA poznámky pdf
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry poznámky pdf, pdf
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie