1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2017/2018: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 4: Riadok 4:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]]
+
** Verzia z 1.10.2015: {{subst:Template:subst:Template:pdf|skripta-2015-10-01}}
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Riadok 19: Riadok 19:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
|- style="background:#f0f0f0"
+
{{subst:Template:subst:Template:T|25.9.-1.10.|}}
| colspan="4" | '''Týždeň 25.9.-1.10.'''
+
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-intro}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-seq}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 1}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do biológie  | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | ZB kap. 1}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 +
{{subst:Template:subst:Template:T|2.-8.10.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-coverage}}  | [[CI02|poznámky]]  }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dp}}  | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||  [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]]  ||   
+
{{subst:Template:subst:Template:T|9.-15.10.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln1}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
|- style="color:#606060;"
+
{{subst:Template:subst:Template:T|16.-22.10.|}}
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
+
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln2}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 +
{{subst:Template:subst:Template:T|23.-29.10.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-gene}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | <!-- {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-seeds}} --> | [[CI05|poznámky]]  }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do biológie  || [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]] || [[CI01|poznámky]]  
+
{{subst:Template:subst:Template:T|30.10.-5.11.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-phylo}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Algoritmy pre HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]   }}
 
|-
 
|-
|- style="color:#606060;"
+
{{subst:Template:subst:Template:T|6.-12.11.|}}
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
+
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-compgen}}  | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Substitučné modely |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-compgen}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 +
{{subst:Template:subst:Template:T|13.-19.11.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-expr}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||  [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]] ||   [[CB01|poznámky]]  
+
{{subst:Template:subst:Template:T|20.-26.11.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-prot}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 +
{{subst:Template:subst:Template:T|27.11.-3.12.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-rna}}  | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
|- style="background:#f0f0f0"
+
{{subst:Template:subst:Template:T|4.-10.12.|}}
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.10.'''
+
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-popgen}} | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:Lit | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
 +
{{subst:Template:subst:Template:T|11.-17.12.|}}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 +
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-summary}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328 ||  || 
+
{{subst:Template:subst:Template:T|18.-24.12.|Rezerva}}
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||    [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||  [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.10.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||  [[Media:ci-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI03|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||  [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB03|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.10.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI04|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy ||  ||  [[CB04|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.10.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || BLAST, rýchle hľadanie podobnosti  ||    ||  [[CI05|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-value  ||  [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 30.10.-5.11.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||  [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI06|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap ||  [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 6.-12.11.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||  [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus ||  [[Media:cb-compgen.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 13.-19.11.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||  [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 20.-26.11.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' || Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním  ||    ||  [[CI09|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 27.11.-3.12.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' ||  Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík  ||    ||  [[CI10|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' ||  Nussinovovej algoritmus  ||  ||  [[CB10|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 4.-10.12.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||  [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  || 
+
|-
+
|- style="color:#606060;"
+
| || colspan="3" | '' ''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  ||    ||  [[CI11|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' ||  Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD  ||  ||  [[CB11|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 11.-17.12.'''
+
|-
+
|-
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, štruktúra populácie  ||  [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]  ||  [[CI12|poznámky]]
+
|-
+
|-
+
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
+
|-
+
|-
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika  ||  [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB12|poznámky]] 
+
|-
+
|-
+
|- style="background:#f0f0f0"
+
| colspan="4" | '''Týždeň 18.-24.12.''' Rezerva
+
|-
+
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 19:12, 26. september 2018

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: {{subst:Template:subst:Template:pdf|skripta-2015-10-01}}
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

{{subst:Template:subst:Template:T|25.9.-1.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-intro}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-seq}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 1}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do biológie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-introbio}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | ZB kap. 1}} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-introcs}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|2.-8.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-coverage}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dp}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|9.-15.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln1}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-msms}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dotplots}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|16.-22.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln2}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|23.-29.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-gene}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-evalue}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|30.10.-5.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-phylo}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Algoritmy pre HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-phylo}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|6.-12.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-compgen}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Substitučné modely | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-matice}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-compgen}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-gene}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|13.-19.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-expr}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-kmeans}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|20.-26.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-prot}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|27.11.-3.12.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-rna}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík | | poznámky | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Nussinovovej algoritmus | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|4.-10.12.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-popgen}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|11.-17.12.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-summary}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Nepovinné prezentácie | | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-summary}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-graphs}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|18.-24.12.|Rezerva}}