1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


MBI 2017/2018: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 4: Riadok 4:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
−
** Verzia z 1.10.2015: {{subst:Template:subst:Template:pdf|skripta-2015-10-01}}
+
** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]]
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Riadok 19: Riadok 19:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|25.9.-1.10.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-intro}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-seq}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 25.9.-1.10.'''
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 1}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do biológie  | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | ZB kap. 1}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|2.-8.10.|}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-coverage}}  | [[CI02|poznámky]]  }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dp}}  | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|9.-15.10.|}}
+
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||  [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]]  ||   
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln1}} | }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|16.-22.10.|}}
+
|- style="color:#606060;"
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln2}} | }}
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|23.-29.10.|}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-gene}} | }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | <!-- {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-seeds}} --> | [[CI05|poznámky]]  }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|30.10.-5.11.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do biológie  || [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]] || [[CI01|poznámky]]  
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-phylo}} | }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Algoritmy pre HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]   }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|6.-12.11.|}}
+
|- style="color:#606060;"
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-compgen}}  | }}
+
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Substitučné modely |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-compgen}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|13.-19.11.|}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-expr}} | }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|20.-26.11.|}}
+
| ''' CB:''' || Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||  [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]] ||   [[CB01|poznámky]]  
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-prot}} | }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|27.11.-3.12.|}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-rna}}  | }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|4.-10.12.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-popgen}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.10.'''
−
{{subst:Template:subst:Template:Lit | }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
+
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
+
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|11.-17.12.|}}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie |  {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
−
{{subst:Template:subst:Template:R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-summary}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
−
{{subst:Template:subst:Template:T|18.-24.12.|Rezerva}}
+
| ''' PR:''' ||  nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328 ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||    [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||  [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||  [[Media:ci-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI03|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||  [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy ||  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || BLAST, rýchle hľadanie podobnosti  ||    ||  [[CI05|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-value  ||  [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 30.10.-5.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||  [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap ||  [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 6.-12.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||  [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus ||  [[Media:cb-compgen.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 13.-19.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||  [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 20.-26.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním  ||    ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 27.11.-3.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík  ||    ||  [[CI10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Nussinovovej algoritmus  ||  ||  [[CB10|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 4.-10.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||  [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  ||    ||  [[CI11|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD  ||  ||  [[CB11|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 11.-17.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, štruktúra populácie  ||  [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]  ||  [[CI12|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika  ||  [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB12|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 18.-24.12.''' Rezerva
 +
|-
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 19:13, 26. september 2018

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

Týždeň 25.9.-1.10.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 2.-8.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
Týždeň 9.-15.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
Týždeň 16.-22.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 23.-29.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, rýchle hľadanie podobnosti poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value pdf poznámky
Týždeň 30.10.-5.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap pdf poznámky
Týždeň 6.-12.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely pdf poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus pdf, pdf poznámky
Týždeň 13.-19.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf poznámky
Týždeň 20.-26.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam poznámky
Týždeň 27.11.-3.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 4.-10.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 11.-17.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie pdf poznámky
PR: Nepovinné prezentácie
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika pdf, pdf poznámky
Týždeň 18.-24.12. Rezerva
Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=MBI_2017/2018&oldid=2011“