Materials
Z MBI
This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.
Literature:
- BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
- DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21 - ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2
For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.
Recordings of lectures in Slovak from 2018/19
Notes and presentations
L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students
| 21.-27.9. | |||
| L: | Introduction, course rules, sequencing and genome assembly | pdf, pdf | |
| BV chapter 1, video 1 video 2 | |||
| TI: | Introduction to biology | notes | |
| ZB chapter 1, video | |||
| TB: | Introduction to computer science, UCSC genome browser | notes | |
| 28.9.-4.10. | |||
| L: | Zostavovanie genómov 2 | ||
| video | |||
| TI: | Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | notes | |
| TB: | Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | notes | |
| 5.-11.10. | |||
| L: | Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | ||
| BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2, video | |||
| TI: | Úvod do dynamického programovania, proteomika | notes | |
| TB: | Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | notes | |
| 12.-18.10. | |||
| L: | Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | ||
| BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5, video | |||
| TI: | Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | notes | |
| TB: | Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy | notes | |
| 19.-25.10. | |||
| L: | Hľadanie génov, skryté Markovove modely | ||
| BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7, video | |||
| TI: | Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash | notes | |
| TB: | Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií | notes | |
| 27.10.-1.11. | |||
| L: | Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | ||
| BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2, video | |||
| TI: | Algoritmy pre HMM | notes | |
| TB: | Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy | notes | |
| 2.-8.11. | |||
| L: | Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | ||
| BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8, video | |||
| TI: | Substitučné modely | notes | |
| TB: | E-hodnota, fylogenetické stromy | notes | |
| 9.-15.11. | |||
| L: | Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | ||
| DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video | |||
| TI: | Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | notes | |
| TB: | Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction | pdf pdf | notes |
| 16.-22.11. | |||
| L: | Štruktúra a funkcia proteínov | ||
| DEKM chapter 5; ZB chapter 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video | |||
| TI: | Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním | notes | |
| TB: | Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | notes | |
| 23.-29.11. | |||
| L: | RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | ||
| DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9, video | |||
| TI: | Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík | notes | |
| TB: | Nussinovovej algoritmus | notes | |
| 30.11.-6.12. | |||
| L: | Populačná genetika | ||
| video | |||
| TI: | RNA štruktúra | notes | |
| TB: | Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | notes | |
| 7.-13.12. | |||
| L: | Prednáška nebude | ||
| TI: | Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | pdf, pdf | notes |
| TB: | Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | pdf, pdf | notes |
| 14.-20.12. | |||
| L: | Nepovinné prezentácie | ||
