1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2016/2017: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 4: Riadok 4:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]]
+
** Verzia z 1.10.2015:  
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Riadok 23: Riadok 23:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  || [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 29: Riadok 29:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||   [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]]  ||  [[CI01|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||     ||  [[CI01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 35: Riadok 35:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  || [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]]  ||  [[CB01|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 45: Riadok 45:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  || [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||   ||  [[CI02|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 55: Riadok 55:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||   [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 61: Riadok 61:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  || [[Media:ci-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI03|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||   ||  [[CI03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||   [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]] ||  [[CB03|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||   ||  [[CB03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 71: Riadok 71:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  || [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 87: Riadok 87:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  || [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 93: Riadok 93:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  || [[Media:ci-seeds.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||   ||  [[CI05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov  || [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov  ||     ||  [[CB05|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 103: Riadok 103:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  || [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 109: Riadok 109:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  || [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI06|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||   ||  [[CI06|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov || [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||   ||  [[CB06|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 119: Riadok 119:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  || [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 125: Riadok 125:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Substitučné modely  || [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||   ||  [[CI07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus || [[Media:cb-compgen.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus ||   ||  [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 135: Riadok 135:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  || [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 141: Riadok 141:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM  || [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||   ||  [[CI08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||   ||  [[CB08|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 155: Riadok 155:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  || [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 171: Riadok 171:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  || [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 177: Riadok 177:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík  ||   [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]] ||  [[CI10|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík  ||   ||  [[CI10|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 187: Riadok 187:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 196: Riadok 196:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika  || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB11|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika  ||     ||  [[CB11|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 203: Riadok 203:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, štruktúra populácie  || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]  ||  [[CI12|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, štruktúra populácie  ||   ||  [[CI12|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 21:15, 26. september 2017

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

Týždeň 19.-25.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 26.9.-2.10
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 3.-9.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty poznámky
Týždeň 10.-16.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 17.-23.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, jadrá s medzerami poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov poznámky
Týždeň 24.10.-30.10.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 31.10-6.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus poznámky
Týždeň 7.-13.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction poznámky
Týždeň 14.-20.11. sviatok
Týždeň 21.-27.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
Týždeň 28.11.-4.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 5.-11.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra, ukážky biologických databáz poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika poznámky
Týždeň 12.-18.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie poznámky
PR: Nepovinné prezentácie